Grâce à l'Exposition de l'Alaska-Yukon-Pacifique de 1909, les habitants de Seattle se découvrirent un intérêt, encore présent de nos jours, pour les cultures bordant le Pacifique et l'envie de créer un authentique Jardin Japonais ; mais le plan pour réaliser ce rêve ne vit le jour qu'en 1957.
L'histoire du Jardin est étroitement liée avec celle du Washington Park Arboretum.Une grande partie de ce dernier avait été conçue comme un simple jardin en 1904 et à l'exception d'une allée principale et d'une aire de jeux près de Madison Street, et il ne fut développé que dans les années 30. En 1924, les membres du Conseil des Parcs de Seattle votèrent, en accord avec l'Université de Washington, pour la création d'un jardin botanique. Les deux organismes signèrent un accord en 1934 et les fonds furent réunis par le Seattle Garden Club pour faire appel à la compagnie de paysagistes la plus renommée : la Olmsted Brothers de Brookline, Massachusetts.

Dès 1937, la Fondation de l'Arboretum Park comprit qu'un Jardin Japonais devait faire partie du parc. Hélas, le projet resta sans suite pendant plus de 20 ans. En 1957, Mme Neil Haig devint présidente du comité Fondation des Projets Spéciaux et deux ans plus tard, les plans endormis du Jardin furent adoptés par motion grâce à un don généreux de la part d'un des membres de la Fondation. La personne choisie par le comité pour diriger ce projet était brillamment qualifiée, puisqu'il s'agissait du fameux Juki Iida, désigner et entrepreneur de plus de 1 000 jardins japonais à travers le monde.Avec l'aide de 6 autres désigners connus, dont K. Inoshita, Iida dessina 34 pages de plans qui donnaient les grandes lignes pour ce jardin d'environ 2 hectares et demi.
Le 1er Mars 1960, Mr Iida et son équipe rentra du Japon afin de superviser les travaux.Il choisit personnellement plus de 500 gros rochers de granit qui venaient directement des Cascades Mountains près du Col de Snoqualmie.Pour empêcher que les rochers soient abîmés durant le trajet, ils furent enveloppés dans des nattes de bambou.Leur poids allaient de 500kg à plus de 11 tonnes pour le plus lourd.Après qu'ils furent mis en place, Mr Iida selectiona et disposa des milliers de plantes afin de représenter des endroits divers typiquement japonais.Parmi ces plantes, les fameuses azalées, ainsi que les camélias, de nombreux feuillus, mais aussi arbres fruitiers produisant des fleurs, mousses et enfin fougères.

 Le salon de thé, qui fut donné par le peuple de Tokyo, fut construit principalement au Japon par la companie Shimizu et assemblée sur le site même du Jardin en 1959. Un feu détruisit ce salon en 1973, et il fut reconstruit en 1981 avec l'aide de la Fondation de l'Arboretum et la Fondation Urasenke de Kyoto.
Pendant plusieurs années, l'Université de Washington assura la gestion du Jardin comme partie intégrante de l'Arboretum.Depuis 1981, c'est le Département des Parcs et Récréations de Seattle qui se charge du Jardin.Ses principaux objectifs sont de maintenir et d'assurer l'authenticité du Jardin afin de garantir le contentement de son public.Il travaille aussi avec des volontaires grâce au Conseil d'aide du Jardin Japonais, ainsi que d'autres organisations intéressées pour soutenir et améliorer le Jardin.